Raittiuden Ystävien hallinto on kolmiportainen. Ylin päättävä elin on varsinainen edustajakokous, joka kokoontuu touko-syyskuussa joka toinen vuosi. Edustajakokouksen välivuosina kokoontuu Liittovaltuusto, jonka valtuutetut jäsenet valitaan edustajakokouksessa. Myös jäsenliitoilla on Liittovaltuustossa omat edustajansa. Järjestön toiminnasta ja taloudesta vastaa Raittiuden Ystävien hallitus, joka kokoontuu noin 10 kertaa vuodessa.
Hallituksen puheenjohtajana on 23.5.2026 lähtien toiminut Tuomas Rouvila. Liittovaltuuston puheenjohtajana on 1.1.2014 lähtien toiminut Teuvo Munkki. Järjestön toiminnanjohtajana aloitti 15.11.2022 pitkän linjan nuoriso- ja järjestövaikuttaja Hannah Honkanen.